Ustawą z dnia 31 marca 2000 r. wprowadzono nowelizację ustawy o zatrudnieniu i przeciwdziałaniu bezrobociu. Zgodnie z treścią zmiany - Wojewódzki Urząd Pracy, będący dotychczas Departamentem Urzędu Marszałkowskiego, uzyskał status wojewódzkiej samorządowej jednostki organizacyjnej samorządu województwa. Zmiana ta weszła w życie w dniu 6 maja 2000 r.

Sejmik Województwa Warmińsko-Mazurskiego, w dniu 18 września 2000r., podjął uchwałę w sprawie utworzenia, z dniem 1 stycznia 2001 r., wojewódzkiej jednostki organizacyjnej o nazwie Wojewódzki Urząd Pracy w Olsztynie, działającej na zasadzie jednostki budżetowej. WUP w Olsztynie realizuje zadania Samorządu Województwa Warmińsko-Mazurskiego z zakresu polityki rynku pracy, na obszarze województwa warmińsko-mazurskiego, wynikające z ustawy z dnia 20 kwietnia 2004 roku o promocji zatrudnienia i instytucjach rynku pracy (Dz.U. z 2023 r. poz. 735, z późn. zm.).

Strukturę Wojewódzkiego Urzędu Pracy w Olsztynie określa, zatwierdzony Uchwałą Nr 17/217/23/VI Zarządu Województwa Warmińsko-Mazurskiego, w dniu 11 kwietnia 2023 roku, Regulamin Organizacyjny. Wojewódzki Urząd Pracy w Olsztynie działa również w oparciu o wewnątrzzakładowe źródła prawa pracy, to jest między innymi: Regulamin Pracy, Instrukcję Obiegu i Kontroli Dokumentów Finansowo-Księgowych oraz innych szczegółowych przepisów niezbędnych do prawidłowego funkcjonowania jednostki budżetowej.